Амброзия полыннолистная - один из самых вредоносных сорняков и опаснейших аллергенов в растительном мире. Быстро распространяется, сильно иссушает почву в культурных посевах, вызывая угнетение высеянных растений. Помимо иссушения и истощения почвы, высокорослая и хорошо облиственная амброзия затеняет от солнечного света возделываемые растения, что приводит к резкому снижению, а то и полной потере урожая.
Вред амброзии в районах массового ее распространения исключительно велик. Она причиняет как биологический, так и технологический ущерб окружающей среде, земледелию. Развивая мощную надземную массу и корневую систему, сильно угнетает культурные растения. Она расходует очень много воды на образование единицы сухого вещества, что приводит к иссушению почвы. Амброзия резко снижает плодородие почвы, вынося из нее большие количества элементов минерального питания растений. Помимо иссушения и истощения почвы, высокорослая и хорошо облиственная амброзия затеняет от солнечного света возделываемые растения, что приводит к резкому снижению, а то и полной потере урожая. На лугах и пастбищах этот сорняк вытесняет злаково-бобовые травы и резко снижает кормовые качества зеленого корма, сена, так как скот не поедает амброзию из-за содержания в ее листьях горьких эфирных масел.
Амброзия полыннолистная - злейший враг здоровья человека. Это растение выделяет ряд эфирных масел, которые вызывают сильнейшие головные боли и скачки артериального давления. Пыльца амброзии сильнейший аллерген, она разносится с ветром на десятки километров, поднимаясь в высоту до 5000 метров. 
С амброзией полыннолистной необходимо бороться до начала ее цветения, учитывая биологические особенности данного сорняка. Наиболее эффективным методом борьбы в настоящее время является удаление ее с корнем. Скашивание, как метод борьбы с амброзией полыннолистной, малоэффективен, так как она отрастает, давая при этом от 5 до 15 новых побегов. В связи с этим данный прием необходимо проводить многократно по мере отрастания побегов, таким образом, возможно, удастся предупредить цветение амброзии.
На посевах с/х культур агротехнические меры борьбы имеют решающее значение для ликвидации амброзии полыннолистной. Они включают в себя правильное чередование культур в севообороте, обработку почвы, уход за посевами.
Хорошо очищает поля от амброзии бессменный (2-3 года) посев озимых зерновых с предшествующей полупаровой обработкой поля.
Против амброзии полыннолистной эффективны гербициды, рекомендованные для борьбы с однолетними двудольными сорняками, применение которых регламентируется «Государственным каталогом (списком) пестицидов и агрохимикатов, разрешенных к применению на территории Российской Федерации».
Мероприятия, направленные на борьбу с амброзией полыннолистной необходимо проводить своевременно, не допуская ее массового цветения, созревания семян и вторичного заражения земельных участков.