Зерно – исходный продукт, от его состояния зависит качество будущего урожая и получаемых из него хлеба, хлебобулочных изделий и кормов.
Управление Россельхознадзора по Рязанской и Тамбовской областям информирует, что в зерне, идущем на переработку, могут присутствовать грибы и бактерии, которые продуцируют микотоксины, снижающие пищевое и кормовое качество зерновой продукции.
К числу патогенных микроорганизмов относятся многие (но не все) виды фузариевых грибов, способные накапливать в зерне вредные вещества, наличие которых может привести к невозможности использования зерна на пищевые и кормовые цели.
Возбудителями фузариоза зерна являются как правило грибы из рода Fusarium. Это заболевание зерна отмечается при созревании в годы с избыточным количеством осадков, а также при длительном нахождении колосовых зерновых культур в валках в условиях повышенной относительной влажности воздуха. Поражение зерна пшеницы и ячменя фузариозом сопровождается загрязнением зерна высокотоксичными веществами грибного происхождения – микотоксинами.
Патогенными микроорганизмами для зерна являются также бактерии, которые наносят огромный экономический ущерб, поражая посевы зерновых колосовых культур. Черный бактериоз пшеницы вызывает потерю урожая до 15-60%. Насекомые и капли дождя передают этот возбудитель черного бактериоза от одного растения к другому. Пораженное зерно сморщивается и на нем образуются черные полосы, заполненные бактериями. Своевременное обнаружение и изучение бактериозов предупреждает распространение и вредоносность заболевания.
Вызывать болезни зерновых культур могут и вирусы. Одним из распространенных заболеваний является полосатая мозаика пшеницы. Она поражает пшеницу, ячмень, овес, кукурузу, просо и др. На листьях появляются светло-зеленые штрихи или полоски, параллельные жилкам листа. Растения отстают в росте и не дают продуктивных стеблей. Колос полностью или частично стерилен, формируется щуплая зерновка. С семенами и через почву вирус не передается. Распространяется вирус от растения к растению при механических повреждениях, переносчиками являются клещи и тли. Возбудитель сохраняется в переносчиках, сорняках, всходах падалицы.
Управление Россельхознадзора по Рязанской и Тамбовской областям рекомендует для выявления потребительских свойств зерна при использовании его в хлебопекарной промышленности и на фуражные цели в первую очередь провести микотоксикологический контроль. Мониторинг качества и безопасности должен проводиться не по визуальному выявлению процента больных зерен, присутствия головни и спорыньи в зерне и муке, а на основании результатов аналитических методов оценки.
Меры борьбы с вирусными и бактериальными болезнями зерновых культур: 
- соблюдение правил семеноводства; 
- очистка и сортировка семян, удаление щуплых, пораженных фузариозом и другими болезнями зерен, склероциев спорыньи; 
- протравливание семян теми же препаратами, что и против корневых гнилей и головневых болезней. 
Большое значение имеет севооборот, использование лучших предшественников (пар, рапс, зернобобовые культуры). Усилению распространения болезней способствует повторное возделывание зерновых культур. Необходима запашка растительных остатков, на которых сохраняется инфекция. Для посева следует использовать здоровые семена устойчивых сортов; при необходимости применяют фунгициды в период колошения – начала налива. В течение вегетации проводят борьбу с переносчиками вирусных болезней. Также важен посев кондиционными семенами с высокими посевными качествами, способствующими противостоянию растений разнообразным микроорганизмам в окружающей среде. Для предотвращения развития комплекса болезней яровых зерновых культур необходимо проводить протравливание семян одним из разрешенных протравливателей.